Im Gegensatz zu Auflichtscannern, bei denen die Vorlage kontaktlos gescannt wird, arbeiten Flachbettscanner nach dem gleichen Prinzip wie ein Kopiergerät: Die Vorlage wird auf eine Glasscheibe gelegt und lichtempfindliche Sensoren werden während des Abtastens unter der Glasscheibe entlanggeführt.
Diese Methode erlaubt es, neben Einzelseiten und Fotos auch sperrige Vorlagen wie Bücher abzutasten. Allerdings muss dabei in der Regel die Vorlage, um ein scharfes Bild zu erreichen, flach auf der Glasplatte aufliegen. Das kann aber insbesondere bei Büchern durch die hohe Druckbelastung zu irreparablen Schäden am Buchrücken führen. Zudem ist das Handling sehr umständlich, da zum Scannen jeder weiteren Seite jedes Mal die Klappe geöffnet, das Buch rausgenommen und die Seite umgeblättert werden muss etc. Ebenso ermöglicht diese Art des Scannens keine verzerrungsfreie und reproduzierbare Aufnahme der Vorlage.
Manche Flachbrettscanner verfügen auch über einen Dokumenteneinzug für Einzelseiten. Preiswerte Flachbettscanner kommen daher vor allem im Bürobetrieb zum Einsatz, wo Dokumente zumeist im Format DIN A4 bis maximal DIN A3 gescannt werden.
Hochpreisige Flachbettscanner, insbesondere im Großformatbereich, arbeiten zusätzlich mit konservatorischer LED-Beleuchtung und hochauflösender Zeilensensortechnologie, die bedingt auch eine Digitalisierung ohne Andruck ermöglicht, im Vergleich jedoch hinsichtlich der Schonung der Vorlagen, dem Handling und der Produktivität gegenüber Auflichtscannern deutlich unterlegen ist.